O sistema agroindustrial de leite brasileiro encontra-se inserido em um cenário em que ocorrem situações típicas de concorrência imperfeita, sendo exigido do segmento de produção desempenho que resulte na disponibilidade de matéria-prima a baixos custos. O presente trabalho teve como objetivo comparar duas metodologias de apuração de custos de produção na pecuária leiteira dos principais estados produtores de leite no Brasil, ou sejam, os estados de Minas Gerais, Goiás, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. Estimaram-se os custos de produção na pecuária leiteira dos referidos estados considerando-se as duas diferentes metodologias, definidas por “custo da atividade leiteira” e “centro de custo leite”. Para tanto, analisaram-se dados técnicos e econômicos de 162 propriedades rurais localizadas nesses estados produtores, abrangendo o período de agosto de 2000 a julho de 2001. Os resultados indicaram que a apuração de custos pela metodologia “centro de custo leite” possibilitou uma maior precisão em relação às análises do custo total médio na pecuária leiteira, evidenciando que, quando apurados somente os custos relacionados ao subsistema leite, os preços recebidos foram suficientes para remunerar o produtor nos estados avaliados.