Teve-se como objetivo neste artigo abordar elementos teóricos já estudados sobre o processo de decisão, bem como da Economia dos Custos de Transação e da Análise Sistêmica, de forma a propor uma estrutura analítica sistêmica, multinível e interdisciplinar, que possa ser usada para o estudo da tomada de decisão de investimentos em cadeias produtivas agronegociais. Da consolidação do referencial teórico, por meio de estrutura analítica, aplicada a um estudo de caso, no caso a cadeia produtiva do biodiesel, pode-se perceber que na medida em que a commodity soja vai avançando nos elos da cadeia, vai se tornando um produto de maior valor agregado, cujos ativos envolvidos para seu processamento e distribuição possuem alta especificidade, o que por sua vez vai exigir dos decisores maior rigor nos seus processos decisórios (decisões estratégicas). A conjugação destes fatores resulta na celebração de contratos como minimizadores das incertezas envolvidas nestas relações.---------------------------------------------In this article has as objective approaches theoretical elements already studied on the decision process, as well as of the Transaction Costs Economy and Systemic Analysis, in way to propose a systemic analytical structure, multilevel and interdisciplinary, that it can be used for the study of the decision process of investments in productive chains. The consolidation of the theoretical background, through structure analytical, applied in a case study (biodiesel productive chain), it can be perceived that in the measure in that the commodity soy is going moving forward in the net-chains, it goes if turning a product of larger add value, whose assets involved for his processing and distribution possesses high specificity, which will demand from the decision takers larger rigidity in their decisions processes (strategic decisions). The conjugation of these factors results in the contracts celebration as lower of the uncertainties involved in these relationships.