Une enquête diagnostique a été conduite en zones agro-écologiques côtière et guinéenne du Bénin pour évaluer le niveau d’exposition à l’aflatoxine d’origine alimentaire et l’état nutritionnel et de santé des enfants de moins de 5 ans. La régression multiple et une analyse économétrique (Probit) ont été effectuées pour identifie les principaux facteurs qui affectent l’état nutritionnel et de santé de ces enfants. Les résultats de l’analyse du sang montrent que presque tous les enfants (99%) sont testés positifs à l’aflatoxine avec un taux moyen de concentration de 0,56 pg/ml de sang. Les principaux facteurs socioéconomiques dont le revenu hebdomadaire du ménage, la superficie de culture emblavée et le niveau d’éducation formelle font diminuer la malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans exposés à l’aflatoxine. La présence d’aflatoxine dans le sang des enfants est négativement corrélée au taux d’hémoglobine et positivement corrélé à la morbidité observée chez ces enfants. D’autres facteurs comme les bonnes techniques de stockage du maïs, la pré-préparation hygiénique des aliments destinés aux enfants réduisent significativement l’aflatoxine dans le sang pendant que la fréquence de consommation du maïs relativement élevée contribue à sa concentration dans le sang. Mots clés: facteurs, aflatoxine, santé, état nutritionnel