Os últimos anos têm sido marcados por diversas mudanças na organização da pesquisa agrícola. Neste novo momento, as Instituições Públicas de Pesquisa Agrícola (IPPAs) estão perdendo o espaço ocupado durante a Revolução Verde. Atualmente, em diversos países do mundo, as empresas multinacionais têm sido as principais executoras de pesquisas sobre biotecnologia agrícola e, conseqüentemente, têm ampliado sua participação no mercado de sementes de importantes culturas agrícolas. Porém, entende-se que sem o fortalecimento das instituições de pesquisa locais, os países em desenvolvimento podem vir a ser meros receptores passivos de tecnologias desenvolvidas por tais empresas, não aproveitando as oportunidades a serem exploradas no campo da biotecnologia e não conseguindo se contrapor às estratégias das empresas multinacionais. No caso brasileiro, a forma de atuação da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) é um bom exemplo de como um IPPA pode participar de modo competitivo deste novo momento da pesquisa agrícola. Neste artigo será abordada a forma como a Embrapa realiza a pesquisa de novas variedades de soja e milho híbrido. Tratam-se das duas principais commodities produzidas pelo Brasil e também das duas principais lavouras geneticamente modificadas plantadas no mundo. Ao participar desses mercados, a Embrapa não só amplia a concorrência, mas também ocupa importantes espaços estratégicos, dada a importância dessas culturas para agricultura nacional. Apresentam-se neste artigo o processo de organização da pesquisa agrícola que se seguiu a Revolução Verde, as principais características dos mercados de sementes de soja e milho híbrido, as formas de proteção da propriedade intelectual nesses segmentos e as relações entre a Embrapa e outros importantes atores privados que atuam nesses mercados.