A participação de centros de pesquisas aplicadas, na busca de solução para os problemas de inovação para o agronegócio na região amazônica, está ligada não somente às demandas do setor, mas também, a capacidade da utilização de suas habilidades e capacidades internas e de articulação com outras organizações de pesquisa na região. Outro desafio está em promover as iniciativas de organização, coordenação e a governança das diversas cadeias de produção, já consolidadas ou em processo de consolidação, e que compõem o Sistema Agroindustrial (SAI), no estado do Pará e outros estados da Amazônia oriental. Neste contexto, conceitos atuais, como a gestão sistêmica das organizações; inovação de valor; cooperação e organização de redes de pesquisa representam instrumentos importantes para uso em prol do desenvolvimento do agronegócio sustentável. O pensamento administrativo moderno requer o conhecimento de novas e complexas técnicas de gestão do conhecimento, aonde o paradigma cartesiano vem dando lugar a novas formas de pensar a administração. O alto grau de complexidade trazido com a evolução dos sistemas de comunicação e informação forçou os administradores da atualidade, a evoluir para uma nova forma de pensar a organização, baseada em uma visão sistêmica da administração, em processos constantes de aprendizagem e de gestão do conhecimento na empresa. Nosso entendimento é que, qualquer proposta de intervenção no modelo de desenvolvimento regional, deve contemplar a visão sistêmica, os processos de aprendizagem organizacional e a gestão de equipes de alto desempenho, como a forma mais apropriada capaz de apoiar, com eficácia, a solução de problemas das cadeias produtivas do agronegócio na Amazônia Oriental, em prol do mercado de tecnologia para o agronegócio, e seus públicos-alvo, sejam eles pequenos, médios ou grandes agentes do SAI. A introdução do conceito de inovação de valor, como instrumento de gestão estratégica de centros de pesquisa na região, representa o posicionamento estratégico capaz de produzir o salto qualitativo que a sociedade, clientes, usuários e beneficiários esperam em relação à gestão da inovação para o agronegócio na Amazônia Oriental. Esse artigo apresenta a utilização desses conceitos, como um instrumento possível de apoiar o desenvolvimento sustentável do agronegócio na região.-----------------------------------------------The participation of centers of researches applied in the solution search for the innovation problems for the agribusiness in the Amazon area is tied up not only to the demands of the section, but also, the capacity of the use of its abilities and internal capacities and of articulation with other research organizations in the area. Another challenge is in promoting the organization initiatives, coordination and the governance of the several production chains, already consolidated or in consolidation process, and that compose the Agroindustrial Sistem, in the state of Pará and other states of the oriental Amazon. In this context, current concepts, as the system administration of the organizations; innovation of value; cooperation and organization of research nets, they represent important instruments for use in the development of the maintainable agribusiness. The modern administrative thought requests the knowledge of new and complex techniques of administration of the knowledge, where the Cartesian paradigm comes giving place the new forms of thinking the administration. The high complexity degree brought with the evolution of the communication systems and information forced the administrators of the present time, to develop for a new form of thinking the organization, based on a system vision of the administration, in constant processes of learning and of administration of the knowledge in the company. Our understanding is that, any intervention proposal in the model of regional development, it should contemplate the system vision, the processes of organizational learning and the administration of teams of high acting, as the most appropriate form capable to support, with effectiveness, the solution of problems of the productive chains of the agribusiness in Oriental Amazon, in the technology market for the agribusiness and its public-objective, be them small, medium or big agents of the agroindustrial system. The introduction of the concept of innovation of value, as instrument of strategic administration of research centers in the area, represents the strategic positioning capable to produce the qualitative jump that the society, customers, users and beneficiaries wait in relation to administration of the innovation for the agribusiness in Oriental Amazon. That article, presents the use of those concepts, as a possible instrument of supporting the maintainable development of the agribusiness in the area.