In Deutschland erfolgt die Herstellung von Sojaöl ausschließlich unter Verwendung importierter Sojabohnen und es wird von Seiten der Ölmühlen ein erweitertes Qualitätsmanagement durchgeführt, um die Anforderungen der EU-Gentechnikgesetzgebung und den Schwellenwert von weniger als 0,9% GVO1-Anteil im Produkt einzuhalten. Sollte in der EU gv-Raps in größeren Mengen angebaut oder gehandelt werden, so müsste auch bei der Rapsölproduktion wie bereits in der Sojaölproduktion ein erweitertes Qualitätsmanagement zur GVO-Vermeidung durchgeführt werden. Befinden sich GVO in der Supply Chain sind die zusätzlichen Kosten der GVO-Vermeidung in erster Linie Kosten für GVO-Analytik und höhere Kosten für garantiert gentechnik freie Rohstoffe. Bei Sojaöl kann die GVOVermeidung den Produktpreis um bis 25% verteuern, bezogen auf gv-Sojaöl, und bei Rapsöl können die GVO-Vermeidungskosten bis zu 12% betragen, bezogen auf den aktuellen Produktpreis von konventionellem Rapsöl.