O processo de inovação tecnológica dos Institutos de Pesquisa envolve atividades relacionadas à geração, difusão e a transferência de tecnologia, que tem como produto final tecnologias, produtos e serviços, disponibilizados à sociedade. Isso é bem evidenciado no agronegócio florestal na região Sul, com a presença dos Institutos de Pesquisa Mistos (IPMs), os quais prestam serviços diretamente para as empresas associadas. Também atuam neste tipo de atividade, os Institutos Públicos de Pesquisa (IPPs), os quais têm suas atividades de PD&I direcionadas ao atendimento das necessidades de uma clientela ampla e diversificada no meio rural. Com o objetivo de identificar as possíveis diferenças nos modelos de geração, difusão e transferência de tecnologia dos IPPs e IPMs e qual o modelo atualmente em uso por esses institutos é que o presente estudo foi idealizado e implementado. Apoiada em um referencial teórico sobre transferência de tecnologia, PD&I em colaboração e ação dos stakeholders, complementado pela noção do sistema nacional de inovação, foi utilizada a metodologia de estudo de casos para a realização da pesquisa. Os dados foram coletados junto aos principais IPPs e IPMs, atualmente em operação na região Sul. Os resultados alcançados demonstraram a existência de diferenças marcantes na postura desses institutos, principalmente, levando em conta a sua clientela, a postura mais competitiva que colaborativa, tanto entre os usuários das pesquisas como no relacionamento entre os próprios institutos de pesquisa. A análise conjunta do SNI e da ação dos stakeholders, permitiu concluir que, instituição importante desse sistema tem atuado mais de uma forma limitadora que facilitadora das ações dos IPPs e IPMs, principalmente nos aspectos regulatórios e fiscalizadores da atividade florestal, em detrimento de ações estimuladoras em prol do desenvolvimento econômico, social e do agronegócio florestal da região Sul, resultados que também levam a concluir a influência do SNI no direcionamento do modelo de pesquisa desses institutos mais para um modelo mercadológico que tecnológico.