El nuevo proceso de planificación promovido por la Directiva Marco del Agua refuerza la necesidad de alcanzar los objetivos ambientales de las masas de agua mediante un programa de medidas. Este trabajo traslada este principio a la recuperación del acuífero Bajo Almanzora (Almería), masa muy modificada debido a la presión proveniente de la contaminación por nitratos. El trabajo aplica el análisis coste-eficacia a las medidas valorando los costes directos e indirectos en la comarca y en la provincia. Los resultados muestran la importancia de implementar medidas que promuevan la eficiencia en la fertilización una vez que se han aplicado las medidas complementarias.