En este artículo se aborda una doble paradoja que envuelve la gobernanza de los SIAL: por un lado, la emergencia de un consumidor que demanda productos específicos y con características propias de los territorios, involucrándose en formas de comercio justo y redes éticas de intercambio; pero por otro lado, las crecientes exigencias que se ciernen sobre el productor, para garantizar la autenticidad del producto y el cumplimiento de normas ambientales mediante mecanismos de certificación, la mayor de las veces ajenos al productor, provocan nuevas formas de desigualdad y asimetrías en la organización y la acción colectiva tanto al interior de las comunidades como al exterior de las mismas. El artículo se divide en tres partes en las que se analizan las disyuntivas y problemas de la gobernanza, se abordan sus relaciones conceptuales y se establece su importancia para las políticas públicas con base en estudios e investigaciones empíricas emprendidas en municipios de Tlanepantla y Nativitas, en los estado de Morelos y Tlaxcala, en el Centro de México; y en Los Reyes e Ixhuatlán del Café en Michoacán, en el occidente del país y en Veracruz, en el oriente. Los trabajos de campo se realizaron en el marco del proyecto “Sistemas Agroalimentarios Locales en México. Identidad Territorial, construcción de capital social e instituciones”.