En la década del 90, el Gobierno paraguayo implementó, con poco éxito, varios planes de reforma del Estado. Actualmente conviven en Paraguay un Estado muy centralizado, con poca capacidad de implementar políticas modernas, y una economía muy descentralizada (a veces completamente fuera del control del gobierno y de la policía), que evoluciona gracias a las acciones e interacciones de agentes individuales y a las oportunidades creadas por la integración a los mercados fronterizos, tanto en los rubros comerciales como agropecuarios. Pero por la espontaneidad propia de este proceso de desarrollo, importantes sectores de la sociedad han quedado marginados. A pesar de la importancia del sector agropecuario en la economía paraguaya, han sido pocos los esfuerzos públicos en apoyo al sistema de innovación agropecuario en general, y a la generación de tecnología en particular. El motor de crecimiento del sector agropecuario paraguayo en las décadas del 70 y 80 fue la expansión de la superficie agrícola mientras que en la del 90 el impulso provino del aumento de la productividad de la tierra, especialmente por la importación de tecnologías de Brasil y, en menor medida, de Argentina y Estados Unidos. La introducción de tecnologías modernas fue posible por la consolidación de diferentes redes de innovación locales. Actualmente existen seis tipos de agentes que generan y validan tecnologías agropecuarias en Paraguay: asociaciones de productores, agencias internacionales de cooperación, institutos internacionales de investigación, los institutos del Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG) (p. ej., INIA y CRIA), el sector privado comercial (empresas privadas y cooperativas) y ONG. Si bien las instituciones públicas de investigación han sido siempre débiles, su capacidad operativa se resintió aun más en la década del 90 a causa de las reducciones presupuestarias, la inestabilidad en las políticas (económicas, sociales y científicas) y la falta de inversión en capital humano y físico. Además de las limitaciones estructurales, el estilo de gestión de las agencias públicas de investigación las convierte en entidades pesadas y centralizadas, excesivamente burocratizadas y con escasa proyección hacia el sector privado y los gobiernos locales y departamentales. El sistema público de investigación pudo mantenerse activo sólo gracias al apoyo de agencias internacionales de cooperación (especialmente, GTZ, JAICA y la Misión China) y a créditos del BID y el Banco Mundial.