La biomasa microbiana es un indicador de la fertilidad y calidad del suelo y sustrato. El manejo de los cultivos en los invernaderos puede afectar la actividad microbiana, lo que repercute en la velocidad de descomposiciôn de la materia orgânica y la liberation de nutrientes. El objetivo de este estudio fue cuantificar el carbono y nitrôgeno biomâsico (CB, NB) y la respiration microbiana (RM) en muestras de suelos y sustratos. Se seleccionaron 57 invernaderos (17 suelos y 40 sustratos) en Moca, Villa Trina y Constanza. Los contenidos de CB y NB se determinaron por fumigation-extraction y la RM por incubation a los 1, 2, 4, 7 y 10 dias. En suelo, el promedio de CB fue 15.2±1.46, 17.4±2.45 y 6.3±1.30 mg/100 g suelo seco para Moca, Villa Trina y Constanza, respectivamente. Para NB fue 0.002±0.0016, 0.016±0.0020, 0.020±0.0058 mg/100 g en las mismas localidades. En sustratos, CB y NB fueron de 18.5±7.37 y 0.02±0.006 mg/100 g en Villa Trina y 6.3±1.30 y 0.01±0.006 mg/100 g en Constanza. La RM promedio en suelo fue de 13.7±2.54, 21.1±1.73 y 34.8±5.99 mg C02/100 g para Moca, Villa Trina y Constanza, respectivamente. En sustrato, la RM promedio fue 46.9±7.31 y 34.6±3.99 mg CO2/IOO gen Villa Trina y Constanza. La actividad microbiana es mayor en sustrato que en suelo. Sin embargo, tanto en suelo como en sustrato, los valores encontrados son menores a los reportados por varios autores. Los resultados indican que estos suelos y sustratos tienen limitaciones de fertilidad, asociadas al manejo.