Es ampliamente conocido que una de las principales fuentes de agua de consumo humano, es el agua subterránea que actualmente está siendo receptora de la contaminación provocada por el ser humano. El objetivo de este estudio fue caracterizar la calidad del agua de consumo humano del sector rural noreste de León. Se realizaron análisis microbiológicos (N=69), análisis físico-químicos (N=67) y análisis de plaguicidas (N=48). Además, se realizó una encuesta sobre las características de las fuentes de agu (pozos), el uso y tratamientos de sus aguas. Los análisis microbiológicos mostraron que un 95.7% de los resultados, no cumplen con los requisitos establecidos en las normas CAPRE. Según los estándares del laboratorio de microbiología de la UNAN-León, el 97.1% de las muestras están contaminadas. El 18.8% de los pozos presenta contaminación físico-química y el 31.3% de los pozos presentan contaminación con pesticidas. El principal pesticida encontrado fue el Clorpirifos, seguido por DDT. Las pruebas estadísticas asociaron significativamente ( = 0.580, p<0.05) la contaminación microbiana con el tipo de pozo. Existe un grado de asociación significativa entre la contaminación microbiana y la presencia de animales cerca del pozo. Los resultados sugieren que la contaminación se da fundamentalmente por introducción directa de mecates contaminados a los pozos.